In den Jahren 1937 und 1938 wird Superintendent Heuner wegen seiner Aktivitäten in der Bekennden Kirche viermal verhaftet. Nach seiner 14tägigen Gestapo-Haft im Mai 1938 wird er mit einem für das gesamte Reich geltenden Redeverbot belegt und aus der Provinz Westfalen ausgewiesen. Als Fritz Heuner wenige Monate später unter Anrufung Gottes den Treueid auf Adolf Hitler leisten soll, verfasst er eine schriftliche Erklärung, in der er ausführt, dass es für den Pfarrer „in der Ausübung seiner Amtspflichten keinen anderen Herrn gibt als den Herrn Christus“.
Nach zwei Jahren Ausweisung schickt die Mariengemeinde, in der Heuner zuvor tätig war, eine Delegation nach Berlin, um sich für die Rückkehr ihres Pfarrers einzusetzen. Zudem schreibt die Gemeinde in gleicher Sache an den Evangelischen Oberkirchenrat in Berlin und erklärt, „dass wir bereit sind, uns für eine friedliche und aufbauende Entwicklung der Lage nach Rückkehr von Pastor Heuner einzusetzen“. Der Kirchenkreis Dortmund schließt sich der Bitte an. Als 1941 das Aufenthaltsverbor offiziell aufgehoben wird, ist Heuner bereits zum Kriegsdienst eingezogen.
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